مات بالطاعون في قاديان محرر جريدة بدر، فقد كتب الميرزا في دفتره:

"اليوم 20/3/1905 أُصيبَ محمد أفضل بالطاعون، وفي تلك اللحظة نفسها تلقيتُ عن شخص -الله أعلم من هو- الوحيَ التالي: فريسة الموت. وقد تُوفّي محمد أفضل في 21/3/1905. (التذكرة، ص 562، نقلا عن دفتر إلهامات الميرزا)

ولكنّ الميرزا ذكر في إعلانّ أنّ موته كان قضاء وقدرا.. ويقصد بهذا التعبير أنْ ينفي موته قتلا أو بالطاعون أو بأي وباء، حيث كتب في إعلانِ تعيينِ مفتي محمد صادق مديرا لجريدة "البدر":

"توفي منشي محمد أفضل مدير جريدة البدر بقضاء الله وقدره". العبد المتواضع، ميرزا غلام أحمد، 23 محرم الحرام 1323 هـ، 30 مارس 1905. (الملفوظات نقلا عن الحكم، 17/4/1905)